Der hauptamtliche, geschäftsführende Vorstand der Diakonie Erlangen besteht aus zwei Personen, die sowohl theologische als auch kaufmännische Fachkompetenz in das Gremium einbringen. Sie verantworten gemeinsam die strategische, konzeptionelle und wirtschaftliche Ausrichtung des Unternehmens und gestalten federführend sein diakonisches und politisches Profil. Sie vertreten die Diakonie Erlangen gerichtlich und außergerichtlich und sind Dienstvorgesetzte sämtlicher angestellten Mitarbeitenden des Vereins.